Seit dem Ende des 12. Jahrhunderts gab es auf Initiative von Priestern, Städten und religiösen Gruppen Häuser, in denen bekehrte Prostituierte und gefährdete Frauen klosterähnlich lebten. Dies wurde auch von den Päpsten gefördert, etwa von Papst Innozenz III. Als Gründer eines regelrechten Ordens gilt der Priester Rudolf von Worms, der 1226 in Worms ein solches Haus als Kloster etablierte. Papst Gregor IX. bestätigte den Orden 1227 und bestimmte, dass er nach der Benediktsregel und den Konstitutionen der Zisterzienser leben solle; 1232 änderte er dies und verpflichtete die Magdalenerinnen auf die Augustinusregel und die Statuten der Dominikanerinnen. Patronin war Maria Magdalena, die bekehrte Sünderin aus dem Neuen Testament (Lk 8,2 EU) und Zeugin der Kreuzigung und der Auferstehung Jesu Christi (Joh 19,25 EU und 20,1-20 EU).

Nach Trier, Straßburg, Würzburg. Regensburg, Speyer und Freiburg im Breisgau entstanden in allen Teilen des Heiligen Römischen Reiches sowie in Ungarn und Polen zahlreiche Klöster. Gegen Ende des 13. Jahrhunderts gehörten etwa 70 Klöster zum Orden, der in vier Ordensprovinzen gegliedert war. Ab ca. 1250 waren die Klöster auch Orte für die Versorgung unverheirateter Angehöriger der bürgerlichen Familien. Zunehmend traten freiwillig büßende Frauen an die Stelle bekehrter Frauen.

Die Magdalenerinnen trugen weiße, einfache Kleider, schliefen bekleidet und gegürtet auf Stroh und einem wollenen Tuch und durften niemals Müßiggang pflegen. Jedes Kloster war selbständig, der Gesamtorden wurde von einem Generalpropst (praepositus generalis) geleitet. Von 1250 bis etwa 1280 war für jedes Kloster ein kleines Männerkloster bestimmt, das die geistliche Betreuung der Ordensfrauen und die Verwaltung des Klosters übernahm. Ab 1280 wurde dies auf die Anwesenheit eines Priors beschränkt.

Das Leben in den Konventen der Magdalenerinnen glich sich allmählich dem in bestehenden Klöstern an. Einige Konvente schlossen sich im Lauf der Zeit anderen Orden an, z. B. den Zisterzienserinnen, den Klarissen oder den Dominikanerinnen. Ende des 15. Jahrhunderts gab es noch etwa 40 Klöster der Magdalenerinnen.