Bewarb sich 1750 erfolgreich um die Stelle des Hofbaudirektors und Hofkammerrats in Eichstätt, die er unter vier Fürstbischöfen bis zu seinem Tod innehatte. Als Pedetti in Eichstätt seinen Dienst antrat, waren alle wichtigen Bauten nach der Zerstörung durch die Schweden im Jahr 1634 von seinen Vorgängern, insbesondere von Jakob Engel und Gabriel de Gabrieli, wiederhergestellt. Zwar plante er verschiedene Neu- und Umbauten, aber nur weniges davon gelangte zur Ausführung. Seine Tätigkeit beschränkte sich in den ersten Jahren seiner Tätigkeit in Eichstätt auf die Behebung von Bauschäden an Gebäuden des gesamten Hochstifts. Ausbesserungen musste er unter anderem am Eichstätter Dom und an der Willibaldsburg vornehmen. Als 1757 Raymund Anton Graf von Strasoldo Fürstbischof wurde, begann im Hochstift eine neue Bauperiode, eine spätbarocke Blütezeit, die Pedettis Auftragslage wesentlich verbesserte. So durfte er auf dem Hirschberg bei Beilngries ein repräsentatives fürstbischöfliches Jagdschloss errichten. Von 1760 bis 1765 gestaltete er als Architekt die Vorgängerbauten zu einer symmetrischen Rokoko-Anlage mit einem tiefen Ehrenhof und einer „Fürstenstraße“ um. Die für den Spätbarock typische Verbindung von Architektur und Natur griff er auch später immer wieder auf. In Eichstätt selber erweiterte er das Waisenhaus im Osten der Stadt, wobei die Baudurchführung in den Händen des Domkapitel-Baumeisters Giovanni Domenico Barbieri lag. In die bischöfliche Residenz (heute Landratsamt) baute er 1767/68 ein repräsentatives Stiegenhaus mit Hofdurchfahrt und im 2. Obergeschoss einen Festsaal – den „Spiegelsaal“ – ein.