Claus von Qualen war der Sohn des dänischen Hofmarschalls Otto von Qualen (1541-1604) aus der uradeligen holsteinischen Familie Qualen und dessen zweiter Ehefrau Lucia von Pogwisch. Unterrichtet wurde er mit seinem älteren Bruder Otto (1597-1635) von dem holsteinischen Dichter Heinrich Hudemann. Anschließend studierte er Rechtswissenschaften, zunächst ab 1617 in Helmstedt, dann in Heidelberg (1619), Leiden (1620) und schließlich 1622 in Oxford. 1623 holte ihn Herzog Friedrich III. von Schleswig-Holstein-Gottorf zurück an den Hof in Gottorf und ernannte Qualen zum Kammerjunker. 1627 ging er zwar zum weiteren Studium nach Padua, kehrte aber schon 1630 ins Herzogtum Holstein zurück und wurde Landrat in Trittau. Nach seinem Tod veröffentlichte der namhafte Literaturprofessor Daniel Georg Morhof eine Trauerode über Claus von Qualen.