Das GNM archiviert seine dienstlichen Unterlagen von jeher selbst. Das Hausarchiv (Bestand "GNM-Akten") dokumentiert somit die Tätigkeit des Museums als Ausstellungs-, Forschungs-, Dokumentations-, Gedächtnis- und Bildungseinrichtung von der Gründung im Jahr 1852 (einschließlich ihrer Vorgeschichte) bis in die Gegenwart. Die Benutzung der Unterlagen wird durch das Bayerische Archivgesetz geregelt.