Das GNM archiviert seine dienstlichen Unterlagen von jeher selbst. Das Hausarchiv (Bestand "GNM-Akten") dokumentiert somit die Tätigkeit des Museums als Ausstellungs-, Forschungs-, Dokumentations-, Gedächtnis- und Bildungseinrichtung von der Gründung im Jahr 1852 (einschließlich ihrer Vorgeschichte) bis in die Gegenwart. Die Benutzung der Unterlagen wird durch das Bayerische Archivgesetz geregelt.
In einem Sammlungsbestand liegen Einzelstücke verschiedener Herkunft, die wegen gemeinsamer Eigenschaften oder eines spezifischen Sammlungsinteresses zusammengefasst wurden. Die Unterlagen waren ursprünglich nicht zusammen überliefert (Gegenteil: Provenienzbestand). Beispielsweise sind in unsere Urkundensammlung (SB-URO) viele versprengte Urkunden aus dem gesamten deutschen Sprachraum eingeflossen.
Unter einem Nachlass versteht man Unterlagen aus der Tätigkeit einer natürlichen Person, die in der Regel postum in ein Archiv gelangt sind. Wenn die Unterlagen sich auf verschiedene Archive verteilen oder lückenhaft sind, was im Historischen Archiv des GNM häufig vorkommt, spricht man von einem Teilnachlass. Nähere Angaben enthalten die Beschreibungen der einzelnen Bestände.
Ein vielfältiges Nebeneinander von Archivgutbeständen einzelner Familien. Umfang und Aussagekraft sind sehr unterschiedlich. Zu den größten und substantiellsten Beständen dieser Gruppe zählen die Archive mehrerer Nürnberger Patrizierfamilien sowie dasjenige der Herren von Wolkenstein-Rodenegg in Südtirol; ihre Laufzeiten erstrecken sich jeweils über mehrere Jahrhunderte.
Teile von Archiven geistlicher Einrichtungen ohne weltliche Macht (Pfarreien, Stifter, Klöster, Spitäler, Bruderschaften). Zu den gehaltvollsten Beständen zählen diejenigen des Klosters Brondolo (bei Venedig) und der Laienbruderschaft Brixen. Für die Überlieferung geistlicher Fürsten gibt es eine eigene Bestandsgruppe.
Unter dieser Rubrik sind die ins Historische Archiv des GNM gelangten Teilbestände der Archive einzelner Gemeinden, Herrschaften, Vereine, Firmen und sonstiger Körperschaften zusammengefasst. Der zeitliche Rahmen erstreckt sich vom Alten Reich bis zur Gegenwart. Für die Archive von Familien, Reichsstädten und geistlichen Korporationen gibt es eigene Bestandsgruppen.
Als Reichsstädte wurden die reichsunmittelbaren - also direkt dem Kaiser unterstellten - Stadtgemeinden des Heiligen Römischen Reiches bezeichnet. Sie waren im Städtekollegium des Reichstags vertreten und genossen weitgehende Autonomie. Im Historischen Archiv befinden sich Teile reichsstädtischer Überlieferung aus etwa 20 Orten, u. a. Nürnberg, Regensburg und Windsheim.
Die zu uns gelangten Teilbestände der Archive von Vertretern des hohen Klerus oder anderer kirchlicher Strukturen, die auch fürstliche Macht ausübten, sind hier zusammengefasst. Die Überlieferung stammt überwiegend aus Hochstiftern des Alten Reiches. Für geistliche Körperschaften ohne fürstlichen Rang haben wir eine eigene Bestandsgruppe eingerichtet.
Archivalien von Territorien und Herrschaften des zumeist höheren Adels, überwiegend aus der Zeit des Alten Reichs. Die zu uns gelangten Bestände dieser Gruppe sind allerdings keine geschlossenen Archivkörper, sondern von geringem Umfang und eher fragmentarischer Natur (Näheres in den einzelnen Bestandsbeschreibungen).
Zusammenstellungen von Dokumenten, Forschungsdaten, Bildmaterial und anderen Reproduktionen etc. zu einem bestimmten Thema oder Zweck. Der herausragendste Bestand dieser Gruppe ist das Deutsche Glockenarchiv, eine umfangreiche Kartei historischer (Kirchen-)Glocken.